Nessa investigação objetivou-se compreender a importância da discussão epistemológica na pesquisa em educação e na formação do pesquisador em educação, tendo como foco de investigação o Programa de Pós-Graduação em Educação e Contemporaneidade (PPGEduC) da Universidade do Estado da Bahia (UNEB). O problema de pesquisa expressa-se na seguinte indagação: qual a importância da discussão epistemológica na proposta do PPGEduC para a formação do pesquisador em Educação? Realizou-se uma abordagem qualitativa de pesquisa fundamentada numa discussão epistemológica e estruturada a partir do estudo de caso, considerando-se a análise de dados bibliográficos e documentais, com a utilização de técnicas e análises de conteúdos. Constatou-se que uma das grandes questões é que as ciências, de um modo geral, têm como referência o paradigma da modernidade, sendo o rigor científico assegurado e regulado pela mensuração; o conhecimento passa a ser portanto compreendido sob a égide da quantificação, divisão e classificação. Neste cenário, torna-se necessário identificar outras lógicas de lidar com o conhecimento, já que este possui dinâmica interna própria e singular, admitindo assim a criação e a recriação incessantemente. A formação do pesquisador não foge a essa realidade, considerando que a vivência de quem pesquisa pauta-se por uma legislação institucionalizada. Deste modo, o PPGEduC foi criado e reproduz essa contradição: ele é um Programa em Educação e Contemporaneidade, tendo clareza acerca do processo da produção do conhecimento a partir de rupturas e crises constantes dos pensamentos hegemônicos e, no entanto, ao mesmo tempo é enquadrado num sistema nacional que concebe a produção da pesquisa e a formação de pesquisadores numa lógica oposta. Este trabalho não apresenta soluções prontas, mas indica a urgência de uma mobilização para um repensar e um redimensionamento no projeto do Programa bem como em suas práticas.